פינחס, בנו של אלעזר בן אהרן הכהן, הוזכר לראשונה בספר שמות ברשימת הייחוס של שבט לוי.

בפעם השנייה, הופיע פינחס פתאום ודקר בקנאתו את נשיא שבט שמעון. לאחר מכן גם הוביל את מלחמת הנקמה במדיינים.

בספר יהושע נשלח פינחס אל עבר הירדן לברר מדוע בנו בני ראובן בני גד ובני מנשה מזבח על הירדן.

בסוף ספר שופטים, הוביל פינחס את שבטי ישראל למלחמה בשבט בנימין לאחר מעשה 'פילגש בגבעה'.

בספר דברי הימים א' (ט כ) מסופר על אדם בשם 'פינחס בן אלעזר' שהיה פקיד על הלויים בימי דוד המלך, ויש אומרים שזהו פינחס המפורסם.

לפי חז"ל, היה פינחס מעורב בסיפורים נוספים:

• פינחס היה היה אחד משני המרגלים ששלח יהושע בן נון ליריחו (מדרש תנחומא על פרשת שלח).
• "וַיַּעַל מַלְאַךְ ה' מִן הַגִּלְגָּל אֶל הַבֹּכִים" (שופטים ב א). חז"ל אמרו שהיה זה פינחס, והוא הוכיח את בני ישראל על כך שכרתו ברית ליושבי הארץ.
• בימי גדעון נאמר: "וַיִּשְׁלַח ה' אִישׁ נָבִיא אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל" (שופטים ו ח). גם אותו זיהו חכמים כפינחס. יש אומרים שאותו נביא הוא המלאך שנגלה לגדעון וציווה אותו להילחם במדיין (רלב"ג).
• פינחס ישב בארץ הגלעד בימי השופט יפתח, וסירב ללכת אל יפתח ולהתיר לו את נדרו. בגללו קיים יפתח את הנדר הנורא והרג את בִתו. "פינחס אמר: הוא צריך לי, ואני אלך אצלו?! יפתח אמר: אני ראש קציני ישראל, ואני אלך אצלו?! בין זה לזה אבדה הנערה" (בראשית רבה).

אם אכן חי פינחס עד ימי יפתח, היה הוא בן למעלה מ-300 שנה (מלחמת 'פילגש בגבעה' אמנם מופיעה בסוף ספר שופטים, אבל לפי רוב השיטות התרחשה בתקופה מוקדמת יותר, כאשר פינחס עוד לא היה מבוגר כל כך). אם פקיד הלויים בימי דוד הוא אכן אותו פינחס, אז שני חייו אף ארוכים יותר. רואים אנו גם שחז"ל זיהו את מלאך ה' כפינחס, ואפשר להבין מכאן שייחסו לו תכונות על טבעיות.

ידועה ומפורסמת הטענה ש"פינחס הוא אליהו". המקור לקשר בין פינחס לאליהו נמצא ב'תרגום יונתן' לספר שמות (ו י"ח):

"וּשְׁנֵי חַיֵּי קְהָת שָׁלֹשׁ וּשְׁלֹשִׁים וּמְאַת שָׁנָה"
"וּשְׁנֵי חַיוֹי דִקְהָת חֲסִידָא מְאָה וּתְלָתִין וּתְלַת שְׁנִין,
חַיָיא עַד דְחָמָא יַת פִּינְחָס הוּא אֵלִיָהוּ כַּהֲנָא רַבָּא
דְעָתִיד לְמִשְׁתַּלְחָא לְגָלוּתָא דְיִשְׂרָאֵל בְּסוֹף יוֹמַיָא".
[קהת חי 133 שנה, עד שראה את פינחס הוא אליהו הכהן הגדול שעתיד להישלח אל גלות בני ישראל בסוף הימים].

בגמרא (ב"מ קי"ד ע"ב) מסופר על אחד האמוראים שראה את אליהו בבית הקברות של גויים, ושאל אותו: "האם לא כהן אתה?". אליהו לימד אותו שקברי גויים אינם מטמאים.

לעומת זאת, יש מקורות אשר סותרים את הזיהוי הזה:

"פעם אחת נחלקו רבותינו בדבר:
אלו אומרים משל גד, ואלו אומרים משל בנימין.
בא אליהו, עמד לפניהם ואמר להם:
רבותינו, מה אתם נחלקים? אני מבני בניה של רחל" (ב"ר).

כדי לזהות את אליהו הנביא עם פינחס, נצטרך לומר שהוא חי כמעט 600 שנה. האם חז"ל אכן התכוונו שהיה זה אותו אדם ממש? ייתכן. אבל אפשר גם לטעון ש'זיהוי' זה נועד להצביע על הקבלות וקישורים רבים בין פינחס לאליהו. כעת אציג כמה מהדמיונות בין שני האישים האלו, ואתבסס גם על הופעותיו של פינחס לפי דברי חז"ל:

• על פינחס נאמר: "בְּקַנְאוֹ אֶת קִנְאָתִי בְּתוֹכָם", ואליהו אמר: "קַנֹּא קִנֵּאתִי לַה'".
• פינחס נשלח מעבר הירדן לרגל את יריחו, ואליהו הלך מיריחו אל עבר הירדן, שם עלה בסערה השמימה. את שניהם חיפשו אנשים מיריחו במשך שלושה ימים (חיילי מלך יריחו חיפשו את פינחס, ובני הנביאים את אליהו).
• המלאך (פינחס?) שנגלה לגדעון, ציווה עליו לשפוך מרק נוזלי על הבשר שהגיש לו, ובדרך נס העלה את הבשר באש. במעמד הר הכרמל, ציווה אליהו לשפוך כדי מים על העולָה, ואחר כך ירדה אש מהשמים ושרפה את הבשר ואת המים.
• אחרי המפגש עם המלאך, הצטווה גדעון לקחת שני פרים אשר אחד מהם היה מוקדש לבעל, להרוס את מזבח הבעל, לבנות מזבח לה', ולהקריב עליו את הפר השני. כך עשה גם אליהו: לקח שני פרים, אחד נתן לעובדי הבעל ואחד הקריב לה'. הוא בנה על יד מזבח הבעל את מזבח ה' ההרוס, והקריב עליו. גם גדעון וגם אליהו היו בסכנה גדולה אחר כך: אנשי עפרה ביקשו להרוג את גדעון, ואיזבל המלכה ביקשה להרוג את אליהו.
• בימי יפתח, לא היה מכבודו של פינחס לגשת אליו. לעומת זאת, בימי אחאב, הקפיד אליהו לחלוק כבוד למלך: "וַיְשַׁנֵּס מָתְנָיו, וַיָּרָץ לִפְנֵי אַחְאָב עַד בֹּאֲכָה יִזְרְעֶאלָה". כמובן שהוא ידע גם להוכיח את המלך על חטאיו הרבים.
• אולי אפשר לומר שכנגד בת יפתח שמתה, החייה אליהו את בן האישה האלמנה.

הקבלות אלו מצביעות בצורה ברורה על קשר בין פינחס לבין אליהו.

התייחסות כמעט מפורשת לפינחס ולאליהו יחד, מצאנו בדברי מלאכי, אחרון הנביאים:

"בְּרִיתִי הָיְתָה אִתּוֹ, הַחַיִּים וְהַשָּׁלוֹם…
תּוֹרַת אֱמֶת הָיְתָה בְּפִיהוּ וְעַוְלָה לֹא נִמְצָא בִשְׂפָתָיו,
בְּשָׁלוֹם וּבְמִישׁוֹר הָלַךְ אִתִּי, וְרַבִּים הֵשִׁיב מֵעָו‍ֹן.
כִּי שִׂפְתֵי כֹהֵן יִשְׁמְרוּ דַעַת וְתוֹרָה יְבַקְשׁוּ מִפִּיהוּ,
כִּי מַלְאַךְ ה' צְבָאוֹת הוּא".

קשה לקרוא פסוקים אלו מבלי לקשרם לפינחס. ברית שלום, כהן, מלאך ה'.

מלאכי חתם את ספרו עם אליהו הנביא: "הִנֵּה אָנֹכִי שֹׁלֵחַ לָכֶם, אֵת אֵלִיָּה הַנָּבִיא".